Connaissez-vous Maxime Wiart from Rueil Malmaison ? Ladieshoesme : un "meetic" par affinité de chaussures !
Connaissez-vous Damien Cipel from Toulouse ? La Greenbox : une prise électrique en 2.0..

Connaissez-vous Patrick Merel from Bordeaux (et bientôt San Diego ?). J'ai entreaperçu le Web 3.0...

Untitled from Jean Michel Billaut on Vimeo.

On parle beaucoup du Web 2.0. D'aucuns disent que la suite de ce 2.0, à savoir le Web 3.0, sera sémantique.. D'autres disent qu'il sera 3D interactif.. Que nenni ! Le sémantique et le 3D sont la suite logique du 2.0... et resteront dans le 2.0...

Par contre, je pense que le 3.0 sera "biologique et surtout génomique". Homo Sapiens va commencer à bricoler la matière vivante... en liaison avec le numérique... Car la matière vivante va être traduite en numérique... Si,si...

D'ailleurs regarder ce e-billautshow avec Patrick Merel... C'est du lourd... Du très lourd... Cela dure un petit 40 minutes... et vous n'allez pas vous ennuyer.

Patrick est biologiste et "généticien"... Et il s'exprime dans cette interview, en tant que Patrick Merel et non pas en tant que collaborateur du CHU de Bordeaux, ni de l'Université française. Qu'est-ce que la gnéomique ? Il nous explique...

La séquence du génome humain est maintenant complète. Et tout s'accélère... Comment fonctionne la matière vivante ? La gnéomique s'intéresse à des marqueurs génétiques et à l'ensemble des gènes.. Gènes humains, mais aussi gènes de bactéries, des animaux, des plantes...

Impact des gènes sur la santé ? Est-ce que tout cela est important pour l'Humanité ?

La génomique a-t-elle un abvenir dans le Monde ? On le pense dans le monde entier... mais pas en France...

Que va faire Portablegenomics la société que Patrick a créé aux USA ?

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Car on va pouvoire séquencer un génome hamain complet pour moins de 100 $ dans les mois à venir... Pourquoi donc visualiser son génome sur son iPhone ou autres appareils mobiles ? Comment visualiser ces informations ? Dans le monde, il y a une cinquantaine de sociétés qui fournissent des analyses génomiques personnelles... Différences entre l'analyse génomique complète et un "simple polaroid" de votre génome ? Comment fonctionne un test génomique ?

La situation en France ? Vous ne pouvez pas, de votre propre chef, vous vous faire un séquençage de votre génome... Pourquoi l'élite gauloise est contre ? Et si vous faites le séquençage de votre propre génome vous êtes passible d'une amende de 15.000 € et d'un an d'emprisonnement... (si, si...). A l'heure de l'Internet, de Facebook, de Twitter, etc.. comment interdire aux Français de le faire ? Il y a en tout cas des forums en français où l'on discute de son génome..

A quoi sert le séquençage du génome ? Les avantages sont de 3 ordres...Avez-vous la présence de tel marqueur ? Quels sont les risques de maladies graves que tel marqueur peut entraîner ? Peut-on remonter à ses ancêtres lointains avec un séquençage ? (la généalogie va s'intéresser certainement à la chose...), etc... Voir l'article de Xconomy ici

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L'informatique et les télécommunications fontionnent avec des 0 et des 1. Donc en base 2. La matière vivante fonctionne en base 4 (les lettres A,T,C,G qui codent votre matière vivante : les 4 bases de l'ADN). Quels parallèles peut-on faire entre le biologique et le numérique ? La matière vivante va-t-elle devenir numérique ? La Création va-t-elle être digitalisée ? Qu'est-ce qu'un diagnostic "in silico" ? On va passer de données biologiques à des données numériques... (les prochains médecins se formeront-ils à l'Epita ?)

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Y aura-t-il des réseaux sociaux où les humains pourront y loger le séquençage numérique de leur génome ?  "Cela existe déjà..." Et l'Administration Obama aux USA a fait voter une loi qui interdit aux sociétés d'assurances, et aux entreprises en général, d'utiliser les données génomiques de leurs clients à des fins abusives... Les citoyens américains sont donc protégés... "... Et comme vous êtes protégés, nous vous encourageons à effectuer votre analyse génomique...." ? Pourquoi ? Parce que les USA veulent mettre en place une médecine préventive... Attitude complétement opposée à celle de la France et d'autres pays européens...

Les Chinois ont acheté chez Illumina (société américaine) quelques centaines de séquenceurs de génome humain.. Ils sont devenus la premier pays en terme de capacité de séquençage... Pourquoi ?

Les Institutions gauloises ont refusé d'accepter le projet de Portablegenomics... D'où les USA...  Quel intérêt d'avoir la visualisation de son génome sur son iPhone ? Un séquençage complet de votre génome représente environ 3 gigas de données... Comment amener ce fichier chez votre médecin ? D'où l'idée de Portablegenomics et de son logiciel de visualisation... Ce qui permettra par ailleurs à l'Etre Humain de s'impliquer dans une médecine préventive...

Et que vont faire dans tout cela les Google, les Apple, les Facebook, etc...? Google y est déjà (avec 23andme : probablement 100.000 clients ? plus de 50 millions de $ de capitalisation..). Et Facebook, proposera-t-il demain matin de diffuser des données génomiques sur les walls des 600 millions d'utilisateurs ? Et les produits portables d'Apple qui se prêtent bien à la visualisation.. Tout cela donne des idées...

Merci à Patrick pour cette interview... Il reviendra sur le e-billautshow. Et même (peut-être) sur une plateforme visiophonique collaborative... Donc, vous pourrez y participer... (si cela vous dit naturellement)...

Commentaires au débotté :

1/ Si vous voulez comprendre facilement comment fonctionne votre "matière vivante", allez donc voir ce programme multimedia de l'Université de Salt Lake City dans L'Utah - trés bien fait... Voir aussi ici.

2/ L'élite française est un peu décalée face à tout cela si je puis dire.. mais certains vont encore plus loin. Par exemple, le Prof. Philippe Even, qui manifestement ne fait pas partie de notre aimable élite... Son dernier bouquin " La recherche biomédicale en danger (en France)" est un véritable brûlot contre notre élite énarchiquo-technocratique, nos "grands corps" en bicorne, etc.. Elite qui est en train de mettre le pays à la poubelle. Il n'y va pas de main morte, le bougre. Je vous suggère de lire les pages 13 et 14 de son livre : "nouvelle ballade des pendus"... Je remercie à cette occasion Catherine Coste, notre bloggueuse médicale nationale, de m'avoir fait connaître les dessous de la médecine gauloise... Voir son blog ici..

3/Le Web 3.0 sera-t-il génomique ? Je pense... D'ailleurs des chercheurs veulent stocker des données dans les gènes d'une bactéries... D'ici à ce que vous pourrez loger vos mp3 dans quelque animal de compagnie...

4/ Comment va réagir l'Elite Française ?... Mettra-t-elle en oeuvre comme pour la musique un Hadopi génomique ? A mon avis cela ne servira strictement à rien.. Car dans la civilisation qui arrive, c'est le Français de base qui tient le manche... Et non plus l'élite... Certes, cela ne va pas se faire du jour au lendemain: l'élite ne va pas se saborder elle-même.. Réformer les retraites, c'est facile... Réformer la Santé et son organisation, la Justice et son organisation, l'Education et son organisation, en utilisant les outils qui sont à notre disposition aujourd'hui, c'est beaucoup plus compliqué... Encore faut-il que ceux qui ont la volonté de réformer puissent connaître et utiliser dans leur vie de tous les jours les dits outils..

5/ Dernier point pour aujourd'hui... En me balladant sur le site d'Illumina, que je n'avais pas visité depuis plusieurs mois, j'ai vu qu'Illumina commercialise un "séquenceur personnel" le MiSeq...

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 Withings nous préparera peut-être un séquenceur portable ? Comme pour son tensiomètre 2.0 ?

 

Pour contacter Patrick Merel : merel(arobase)portablegenomics.com

© Une production du Billautshow - the video for the rest of us - the e-billautshow : the french worldwide hub

Commentaires

ropib

La génétique et le web, c'est intéressant. Je pense par contre que ça mettra beaucoup de temps pour s'articuler, suffisamment pour parler de web 4. Je pense que le web3 sera juridique. L'actualité nous montre tous les jours la tentative d'intégrer le web, ce qui ne fonctionnera pas si on ne le tue pas. Il y aura donc une refonte de la justice (institutions, principes, institutions...) avant la génétique.

Remarque: vous avez mis 2 points 4.

Billaut

@ropib
merci pour les points : j'ai corrigé...
remarque intéressante... mais pas sûr... Cela prend énormément de temps pour modifier des institutions... la génomique ira plus vite et participera probablement aux changements dont vous parlez...

PM

Depuis que nous parlons JM, une équipe américaine vient de publier le 1er test de dépistage, avant conception, à base de séquencage de génome (partiel), pour la détection de 448 maladies génétiques dites recessives (1139 connues).

On notera que ces travaux sont soutenus par une fondation de parents d'enfants malades atteints de maladies neurodégénératives. Il n'y a pas que les hypochondriaques qui s'intéressent à la génomique.

A lire ici


Aussi, un rapport étonnant, hyper documenté, sur des recommandations faites en Décembre dernier au département de la défense américaine sur l'utilisation du séquencage de génome complet chez les militaires américains.

a lire ici

Morceaux choisis:

The $100 genome is nearly upon us, and soon the cost of DNA sequencing will no longer be a limiting factor in genomic analysis.
....
Waiting even two years to initiate this process may place them unrecoverably behind in the race for personal genomics information and applications.

Il y a bien une course qui se déroule en ce moment, et pas seulement chez les militaires, bien heureusement.

Gérard

Un vrai débat, avec un vrai interlocuteur, et un vrai interviewer, pas ce que nous avons l'habitude de voir sur nos médias habituels (1.0?) qui oublient le journalisme d'investigation et qui ne comprennent pas la moitié de ce qu'ils disent.

@JM, je me permets d'insister encore sur la notion d'Iphone vs Android.
Et votre interlocuteur a bien compris, car lorsque vous lui parlez d'Iphone, il vous répond par Smartphone.

Je n'ai rien contre Apple, ni leurs produits, mais il faut tenir compte de l'évolution actuelle des OS concurrents. Particulièrement les non propriétaires.

@+

Billaut

@Gérard...
merci de votre appréciation. Je crois que tout le monde a compris le discours de notre ami.. cela devrait être dispo sur toutes les plateformes...

Bernard GARRIGUES

Instant de pur bonheur : l'avenir de la base de données de la connaissance mondiale, c'est le grain de riz ; pas google. Manque la réponse mais nous savons où il faut chercher.

L'autre question d'internet, c'est la relation (entre tous les acteurs de la noosphère). La réponse est aussi dans (la puissance des) les bio-réseaux : neurones, synapses. Manque la logique mais elle émerge.

Billaut

@Bernard
cela va effectivement très vite dans ce secteur...

Bernard GARRIGUES

Sauf que madame FT s'oppose de toutes ses forces (qui sont grandes) à la montée en puissance des réseaux internet.

L'amour vénal est bien le modèle bio de la relation asymétrique ? Comme dit l'adage latin :"Meretrices ad extremum semper futuuntur."

Billaut

@Bernard... combat d'arrière garde à mon sens... Mes années déplorables de latin ne me permettent pas d'apprécier ta phrase à sa juste valeur... en-dehors de "panem an circences"... (le smic et les jeux idiots de tf1)..

Bernard GARRIGUES

JM

Je n'oserais pas écrire la traduction sur ton blog qui a tout de même une réputation de bonne compagnie et moralité à faire prévaloir. En matière de systèmique, aucun combat n'est d'arrière garde, par définition.

Je pense que la traduction doit se trouver sur internet : j'ai pratiqué pendant quelques temps la profession de lanceur de mots et de lanceur d'adages ; doit rester des traces. Ma plus belle réussite : jubilatoire que j'ai lancé vers 1995.

Bernard GARRIGUES

J'ai savouré l'interview de Patrick MEREL (en zappant les scories commerciales qui me gênent (il ne s'agit pas d'un jeu de mots !)).

Le séquençage est une représentation (que l'on peut comparer à un livre) du génome. Ce livre de 3 gigas (environ 150 fois Autant en emporte le vent!) parle un langage peu commun dont la sémantique est (peut-être) d'une incroyable complexité si nous percevons qu'il donne accès à 4 milliards d'années d'une histoire singulière contingente à 100% ; dont nous ne connaissons que des bribes.

Ce qui me paraît extraordinaire, c'est que la vie soit capable (sans plan de montage) de stocker cette base de données pratiquement infinie dans un volume de l'ordre du micron cube et que ce stockage ait lieu plusieurs milliards de fois à l'identique dans chaque être humain mais aussi dans chaque cellule du grain de riz.

Nous disposons d'un potentiel immense de stockage des données (dont les connaissances) sous un volume de plus en plus réduit et donc probablement de plus en plus accessible. Mais j'ai l'impression que nous ignorons tout de la sémantique de ce langage et que nous sommes hors d'état de l'imaginer ou la reproduire.

L'horizon s'éclaire.

Transfection Reagent

Ces 1000 génomes cette année et plus à venir l'année prochaine sera plus précieuse des données phénotypiques plus venir avec eux. Je sais que vous le savez (et George Church a été le dis depuis des années). Je ne sais pas, parce que je n'ai pas fait attention jusqu'à récemment, combien et quels types de données phénotypiques sont susceptibles de venir avec eux ou dans quelle mesure, soit la génomique ou les données phénotypiques sont susceptibles d'être accessibles aux chercheurs. Je serais heureux que vous avez à dire à ce sujet dans les futurs postes.

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